Cajalón fue fundada en Enero de 1967, por D. Salvador Ibarra Franco en la ciudad de Calatayud. Fue denominada en aquel entonces como Caja Rural Comarcal de Calatayud.
Surge en ese mismo año la primera oficina, para que de esta manera en cuestión de poco tiempo, ya transcurridos 8 años, Cajalón cuente con un pasivo de 500 millones de las antiguas pesetas y 40 oficinas a lo largo del Valle del Jalón.
En el añó 1979, Cajalón se translada a su sede social en Zaragoza, lo que comprendió un gran salto del segmento rural al segmento urbano. El logro que se obtuvo en tan solo 4 años es de superar las 8.300 millones de pesetas en recursos totales.
En el año 2002, Cajalón se expande tras la incorporación de la Caja Rural de Cariñena, aumentando su activo hacia los mil millones de euros.
En el 25 aniversario de la llegada de la entidad a Zaragoza, en el año 2004, Cajalón inauguró su nuevo edificio en la Calle del Coso, 29 de Zaragoza.
En la actualidad, el “Edificio Cajalón” funciona como oficina principal de la entidad, con los servicios centrales y un gran espacio cultural.
En Junio de 2004 fallece el fundador de la entidad, nombrándose como presidente a D. Bruno Catalán Sebastián, persona que había sido Director General desde el año 1977.
Cajalón ya cuenta con 445 empleados y una red de más de 160 oficinas, de las cuales 21 están ubicadas en la Comunidad Autónoma de La Rioja. Sus activos totales ya superan los 2.500 millones de euros y su volumen de negocio supera los 4.500 millones de euros.
Cajalón pertenece al Grupo Caja Rural, que agrupa a la práctica totalidad de las cajas rurales de España, situándose en el ranking de las diez primeras entidades del grupo.